Công quốc Bavaria hay Công quốc Bayern (tiếng Đức: Herzogtum Bayern) là một vùng biên giới ở phía đông nam của vương quốc Merowinger từ thế kỷ VI đến thế kỷ VIII. Các bộ lạc người Bayern đã định cư ở đây và được cai trị bởi các công tước (duce) dưới sự thống trị của người Frank. Một công quốc mới đã được tạo ra từ khu vực này sau sự suy tàn của Đế chế Carolus vào cuối thế kỷ IX. Nó trở thành một trong những công quốc bộ lạc của vương quốc Đông Francia mà sau này phát triển thành Vương quốc Đức và Đế chế La Mã thần thánh.Trong các cuộc nội chiến dưới triều đại nhà Otto, lãnh thổ Bayern bị suy giảm đáng kể do sự chia tách của Công quốc Carinthia mới thành lập vào năm 976. Từ năm 1070 đến 1180, Hoàng đế La Mã Thần thánh một lần nữa bị Bayern phản đối mạnh mẽ, đặc biệt là từ nhà Welf. Trong cuộc xung đột cuối cùng giữa nhà Welf và nhà Hohenstaufen, Công tước Heinrich Sư tử đã bị Hoàng đế Frederick Barbarossa tước quyền cai trị ở các thái ấp Bayern và Sachen. Frederick đã chuyển Bayern cho Nhà Wittelsbach, gia tộc này đã giữ nó cho đến năm 1918. Công quốc Bayern được nâng lên thành Tuyển hầu quốc trong Chiến tranh Ba Mươi Năm vào năm 1623.